合歡枯萎病發病初期難覺察，一旦發病整株受害且難治愈，因此應以預防為主。北方地區5月初，要實時向樹皮裂痕涂殺菌劑，在樹冠滴水線周圍打洞灌藥(洞直徑10厘米，深40厘米)可降低或預防枯萎病的發生。

詳細防治措施：1.削減侵染來源。實時清除病枝、病株，集中銷毀。并用20％石灰水消毒土壤。

2.加強種植管理。定期松土，增添土壤通氣性，春秋生長旺期給合歡施肥，以加強抗病能力。

3.藥劑防治。對感病區的健康植株要預防，在合歡尚未發芽時噴5度石硫合劑；生長季未出現癥狀前，開穴澆灌內吸性藥劑，如50％托布津500倍液或50%代森銨400倍液澆灌根部，每月1次，延續三四次。同時，噴灑或涂抹植株枝干，交替用藥，每半月一次，連噴3至4次，效果較好。在發病盛期(6月至8月)，噴2次23%絡氨銅水劑250至300倍液。