萱草的重要病害是銹病、葉斑病和葉枯病；蟲害是蚜蟲、蝸牛、金龜子和紅蜘蛛。
1.病害防治 銹病、葉斑病和葉枯病是萱草極易發生的病害。銹病為真菌性病害，是萱草中后期的重要病害，5月上旬開始發生，六七月較為嚴重，直到10月以后才逐漸截至，危害葉片、花苔。葉片較初發生少量黃色粉狀黑點，后逐漸擴展到全葉，以致全株枯死。發病時可噴施25%的粉銹寧愿濕性粉劑200倍液或65%的代森鋅500倍噴霧防治。葉斑病由鐮孢霉屬真菌引起，是萱草苗期的重要病害，3月尾至4月初開始發病，4月中下句至5月中下旬是發病高峰。可噴灑波爾多液或石硫合劑舉行防治。葉枯病由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后發生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬較為嚴重，重要危害葉片，也危害花苔。從幼苗時便發病，葉片中部邊緣初發生水漬狀小點以后逐漸向上下伸張，形成褐色條斑，較后至灰白色，嚴重時全葉枯死。可用50%多菌靈600倍至800倍液噴灑或代森鋅可濕性粉劑600倍液噴灑，也可在清明前后噴施波爾多液來防治。
2.蟲害防治萱草的重要蟲害是紅蜘蛛、印度修尾蚜和蝸牛。
對于印度修尾蚜，防治方式為：鏟除雜草，剪除殘枝敗葉，特別是有蟲的葉片；黃色薄型塑料板粘蟲板誘殺有翅蚜；注重保護天敵，如瓢蟲、草蛉等。天敵數目多時，盡管少用廣譜性農藥，選用適合的生物農藥，如使用1.2%苦煙乳油800倍至1000倍液噴霧；發生量大時要實時噴藥，可用2.5%敵殺死2500倍至3000倍液，6%吡蟲啉3000倍至4000倍液等其中一種舉行葉面噴霧，噴時注重平安。
對于紅蜘蛛，其方式為：搞好展望預告，實時檢查葉面葉背，較好借助于放大鏡舉行觀測，發現葉螨在較多葉片為害時，應及早噴藥。防治早期為害，是控制后期瘋狂的下午；去除病蟲枝及清除雜草，集中銷毀；夏天螨量不大時，可噴清水沖洗；蟲害發生嚴重時，用1.8%阿維菌素乳油7000倍至9000倍液均勻噴霧防治；或使用15%噠螨靈乳油2500倍至3000倍液均有較好的防治效果。忌用敵敵畏殺滅螨類，敵敵畏對螨類有刺激增殖的作用。不要用菊酯類農藥，它對螨類無效；保護天敵，如瓢蟲、草蛉等。
對于蝸牛，其方式為：鏟除雜草，并撒上生石灰粉，以削減蝸牛的繁殖地；在大花萱草地上撒石灰帶，鴆殺蝸牛；每100平方米用6%蝸克星顆粒劑50克至100克。也可每100平方米用6%蝸克星顆粒劑50克至100克，夾雜砂土1.5千克至2.5千克均勻撒施，使蝸牛易于接觸藥劑。或與豆餅粉、玉米粉制成毒餌，于傍晚施于蝸牛出沒處誘殺；人工捕捉成貝和幼貝，或用樹葉、雜草、菜葉等先作誘集堆，天亮前蝸牛隱蔽在誘集堆下，再集中捕捉。