牡丹常見病害有褐斑病、紅斑病和銹病等；常見害蟲有線蟲、蠐螬和地老虎等。

(1)葉斑病：也稱紅斑病，此病為多毛孢屬的真菌感染。病菌重要浸染葉片，也浸染新枝。發病初期一般在花后15天左右，7月中旬隨溫度的升高日趨嚴重。初期葉后頭有谷粒大小褐色黑點，邊緣色略深，形成外濃中淡、不規則的圓心環紋枯斑，相互融連，以致葉片枯焦凋謝。葉柄受害發生墨綠色絨毛層；莖、柄部染病發生隆起的病斑；病菌在病株莖葉和土壤中越冬。

防治方式：

①11月上旬(立冬)前后，將地里的于葉掃凈，集中燒掉，以清除病原菌；

②發病前(5月份)噴灑1：1：160倍的波爾多液，10一15天噴一次，直至7月尾；

③發病初期，噴灑500-800倍的甲基托布津、多菌靈，7-10天噴一次，延續3-4次。

(2)紫紋羽病：為真菌病害。由土壤傳播。發病在根頸處及根部，以根頸處較為多見。受害處有紫色或白色棉絮狀菌絲，初呈黃褐色，后為黑褐色，俗稱"黑疙瘩頭"。輕者形成點片狀斑塊，不生新根，枝條枯細，葉片發黃，鱗芽癟小；重者整個根頸和很系腐爛，植株死亡。此病多在6-8月高溫多雨季節發生，9月以后，隨氣溫的降低和雨水的削減，病斑截至蔓延。

防治方式：

①選排水良好的高燥地塊栽植；

②雨季實時中耕，降低土壤濕度；

③4-5年輪作一次；

④選育抗病品種；

⑤分栽時用500倍五氯硝基苯藥液涂于患處再栽植，也可用5％代森銨1000倍液澆其根部；⑥受害病株周圍用石灰或硫磺消毒。

(3)茵核病。又名莖腐病。病原為核盤菌。發病時在近地面莖上發生水漬狀斑，逐漸擴展腐爛，出現白色棉狀物。也可能浸染葉片及花蕾。

防治方式：

①選擇排水良好的高燥地塊栽植；

②發現病株實時挖掉并舉行土壤消毒；

③4-5年輪作一次。

經常見的尚有炭疽病、銹病。炭疽病在葉面上發生圓形或不規則形淡褐色凹陷病斑，擴展后邊緣為紫褐色；銹病在葉背著生黃色孢子堆，引起葉片退綠，后期病葉上生柱狀毛發物。防治方式同葉斑病。