1.防治根癌病應從育苗抓起

選擇無病菌土壤作苗圃；已發生過根癌病的土壤，前茬為蔬菜、林地和林業苗圃(尤其是楊樹苗的)，不能作為育苗基地。

用毛桃種子育苗，應將毛桃核用抗根癌菌劑1號1倍液浸拌種，然后再種到育苗地中。浸種后的種子不能日光暴曬，不要等晾干后再播種，以防菌劑失效。

2.高位芽接

嫁接苗木宜采取高位芽接法，阻止傷口接觸土壤，削減染病時機。嫁接對象在使用前須用75%酒精消毒，防止人為傳播病菌。

3.改良土壤

堿性土壤的果園，適當施用酸性肥料、有機肥和果樹專用復合肥，以改變土壤酸堿度，締造病菌非較佳適生條件。碳銨、硫銨、尿素等氮素肥料應輪用，防止一年多次或連年使用碳銨。

4.防治地下害蟲

地下害蟲(蠐螬、螻蛄等)的危害，造成果樹根部傷口，可增添發病時機。實時防治地下害蟲，可有用削減發病時機，降低病株率。

5.改革耕作方式

變果園土壤清耕為果園覆蓋有機物，削減因耕作對根系的危險。宜在樹冠投影外圍施肥，以削減傷根，尤其是盡管削減對較粗根的危險，削減病菌侵染時機。

6.改變澆水方式

改洪水漫灌、串灌為一樹一畦的單株澆灌，有條件的果園可采取滴灌，以阻止病菌借澆灌水傳播。