牡丹修剪整形，一般可在花謝之后舉行。摘除過多和過密的新芽，截短過長的枝條，使每株保留5～8個充分豐滿，分布均勻的枝條。每個枝條保留2個外側花芽，別的的應所有剪除。春季應實時剔除從根頸部長出的曲蘗條，使養分集中在枝干上，促進生長和開花。牡丹枝條懦弱，極易折斷，在花朵初開時常因花頭過重致使枝條彎曲，不僅有損美觀，而且很易折斷，需用細竹竿支持。支柱可涂成綠色，以增添美感。冬季要注重將盆栽牡丹放入花池，池內填滿鋸末，防寒越冬。在嚴寒地區，可將牡丹帶盆埋人土中，或將植株地上部門用稻草包扎或用多層牛皮紙袋套上，再培土過冬。

盆栽牡丹常見的病蟲害有牡丹灰霉病：牡丹的莖、葉、花均可受害。幼苗受浸染，莖基部出現褐色水漬狀斑，腐爛，倒伏；葉片受侵染，發生圓形或不規則形的水潰狀病斑，葉尖和葉緣病斑較多；花芽受侵染變描，于枯，花瓣變褐色，腐爛。低溫、濕潤是發病的重要緣故原因。防治設施：一是削減侵染來源，秋季清除病株的枯枝落葉，春季發病時摘除病芽、病葉。二是生長季節化學防治，用70%甲基托布津1000倍液，或65%代森鋅500倍液，或so%氯硝胺1000倍液，每隔10—13天噴1次．連噴2-3次。

牡丹褐斑病：重要為害牡丹的葉片，也侵染枝條、花器、種宴等部位。該病由真菌引起，5--7月為發病盛期，防治方式與灰霉病類似。另有牡丹炭疽病，牡丹輪斑病、牡丹葉枯病、牡丹枝枯病、牡丹根結線蟲病等。