石菖蒲和水菖蒲都有藥用價值，且都具備一定的觀賞性，現栽植較為普遍。石菖蒲和水菖蒲存在一定的區別，它們的植株是不同的，石菖蒲的植株看起來更細軟，它重要生長在陰濕的環境中。水菖蒲看起來壯一些，喜溫暖環境。

1、葉子區別

石菖蒲的葉子為線形，葉片很薄，長度約20-30cm左右，有時可到達50cm，葉色為暗綠色，葉子無中肋。水菖蒲的葉子更長一些，有90-150cm左右，形狀為劍狀的線形，葉子為綠色，外面灼爍，葉子上有很顯著的中肋。

2、根莖區別

石菖蒲的根莖是肉質根，相對較細，根莖散發著淡淡的芬芳，顏色為淡褐色，根莖節間的長度通常為3-5mm。水菖蒲的根莖也是肉質根，不外它的根稍微粗一點，根是橫著的，同樣有芬芳，顏色為黃褐色，須根為毛發狀。

3、習性區別

石菖蒲喜歡在半陰環境下生長，它的耐陰性強一些，不耐強光，且喜歡濕潤的環境，干燥的環境晦氣于生長，稍耐寒。水菖蒲也喜歡濕潤的環境，它不耐寒，適宜生長的溫度是20-25℃左右。