結構是制作山水盆景的下午性的一步，山水盆景造型有無意境，顯示什么主題，全賴構想結構。結構重要是屬于藝術構想問題，它是通過運用各種藝術顯示手法來實現的。
結構開始，要把各組成部門集中起來，根據顯示主題和創作意境的需要作一全面考慮，包羅結構的形式、植物的栽種、配件的安置等等問題。這里重要談談主峰的位置和配石的放置問題。
主峰是盆景的重心所在，較為突出顯眼，在結構中要首先確定。主峰位置通常放在盆長的三分之一或三分之二處為宜，可略為偏前或偏后。主峰位置一般不宜放在盆的正中或邊緣。
主峰確定后便可放置配石。配石與主峰在氣概上要統一，但形狀、大小又必須有所變化。配石只是起著陪襯主峰的作用，自己不能突出。盆景中所有的山峰都要阻止等高或形狀相同的現象，也不能順次放置，而應崎嶇升沉、亂七八糟。整個結構要做到疏密適合，虛實相間，不能均勻放置，也不能四處填滿。
在山水盆景的意境構圖方面，有三種處理形式。第一種是高遠式：高遠式的主峰高聳險要，配峰低矮，以陪襯主峰，山石占盆面的三分之二左右；第二種是深遠式：深遠式多以一峰為主，群峰夾峙，從近景透視前景，在前后峰的關系上，宜前實后虛，顯得山巒重疊，層次豐富，忽隱忽顯，深不能測，山石占盆面的二分之一左右；第三種是平遠式：平遠式多為低矮平緩的山巒，延綿不停，無顯著山峰奇石，排列犬牙交織，山石占盆面的三分之一左右，因此此方式水面遼闊，在低平曲折的山巒掩襯下，顯得地闊天廣。
另有一點要特別提出的，就是在結構時，要著意山腳的處理，特別是水岸線的處理，宜曲折多變，有隱有現，切忌平直無奇。