唐菖蒲常見的病害有球莖腐爛病、葉枯病等；常見的蟲害有薊馬、蛞蝓等。
球莖腐爛病，是貯藏期經常發生的一種病害。染此病后，球莖外面會出現黃褐色稍有凹陷的病斑，周圍出現玄色潰瘍狀，遇空氣濕度大時，病斑迅速擴大，外面出現青綠色的霉層，導致球莖萎縮干硬。預防措施是，挖球莖時要仔細，阻止球莖創傷。收獲球莖后，較好先用冷水浸泡，再用酒精消毒后陰干貯藏，且使貯藏室透風、干燥，保持4-5 度低溫。
葉枯病多從唐菖蒲下部葉片尖端開始發病，初為褪綠色黃斑，后期病斑干枯出現黑褐色霉層，7-9月發病較嚴重。預防措施是，栽種前剝掉球莖干枯鱗片。并用0.5%的高錳酸浸泡球莖15分鐘，舉行消毒處理。或在植株病發初期，用1%等量式波爾多液或50%代森鋅1000倍液，8-10天噴灑一次。
薊馬，這種害蟲的成蟲、若蟲日間一般匿藏在葉腋間危害植株，陰天或夜間則爬到葉面上來危害。它重要食豁植株的葉、莖和花，使葉片變色，花冠上留下白灰色的點狀食痕和產卵痕，導致花瓣卷縮。可用用2.5%溴氰菊酯劑400倍液噴灑防治。
蛞蝓，即俗稱的劓涕蟲，是一咱分布廣、食性雜的害蟲，它的成蟲和若蟲多蠶食植株的嫩芽、葉片，爬經處常會留下銀白色的痕跡。可用3%石灰水或100倍氨水噴灑防治。