冬季修剪，有稱休眠期修剪。在落葉后至萌芽前舉行。干旱嚴寒地區，嚴冬易出現凍害，可以在春季萌芽前舉行修剪。冬季修剪的步驟和要點如下：
(1)大枝的處理
要按“三稀三密”的原則舉行大枝的處理。三主枝間以及側枝間，相互要保持80~100厘米的距離，以使其小枝(枝組)有著生的空間。主側枝間距離小時，可采取疏大枝或開大枝的設施，使之務必到達以上要求的大枝間距標準。
(2)小枝的處理
主側枝間距拉開后，用疏剪的方式使小枝(大小枝組)在樹冠上的的分布成上稀下密、外稀內密的狀態。內膛小枝的密度，要比上部和外部稍密些，但不能過密，其要求是小枝間互不交織、互不重疊和留有余空。留有余空的意思是，要留出萌芽后新梢生長所需的空間。例如，原有小枝的長度為30厘米，疏剪后一定要留出30厘米的空間供其生長。亦即小枝間不只互不交織、互不重疊，而且還要保持30厘米距離的空間，否則，萌芽后春夏天發生的新梢，就回嚴重交織和重疊，形成不透風透光的“三密”樹。
(3)效果母枝的處理
在疏剪歷程中和疏剪以后，要識別出花芽和著生花芽的效果母枝。以便盡管多保留有花芽的效果母枝，并在其周圍保留3~5個營養枝。如果效果母枝過多，可再疏去一些細小的效果母枝，留下粗壯的、花芽肥大的效果母枝，并使效果母枝與營養枝的比例大致為1：5~15，或者比例更大一些，為1：5~8。如果原樹枝條過密，沒有形成花芽或花芽過少，那么，只要求修剪到小枝互不交織、互不重疊和留有余空的程度就可以了。對這些枝條，可留待翌年春天萌芽后出現新生花芽時，再作果枝與營養枝比例的調整。冬剪后，可使留下的果枝和營養芽得到比較集中的根系營養物，并促使正在分化中的花芽和少量營養芽，變化為花芽和效果母枝。
(4)病蟲枝的處理
在對石榴樹舉行冬季修剪時，要將病蟲枝所有疏去或剪掉，以削減或清除再侵染的病蟲源。